一抗的選擇
一般說來，在運用偶聯二抗結合無偶聯物的一抗時，一抗宿主動物的物種選擇較為重要，關于免疫組化而言，盡可能選擇與樣本不同種系物種的一抗，從而防止二抗與樣本內源性免疫球蛋白發生交叉反應，例如：檢測小鼠樣本蛋白，則不該選擇小鼠或大鼠源的一抗，選兔源的一抗，則二抗則可選擇偶聯了檢測分子的抗兔 IgG。
假設選擇有偶聯物的一抗則不適用上述情況，除免疫組化外的其它對不含內源性免疫球蛋白樣本的檢測辦法，則抗體宿主物種的影響不大，如對不含 IgG 的細胞裂解物樣本的 western blotting 檢測，盡管如此，含有血清的組織裂解物和組織培育上清中含有免疫球蛋白，復原變性樣本中含IgG，在western blot 檢測中則結合出現 IgG 分子50 and 25 kDa 的重鏈和輕鏈條帶。
二抗的選擇
二抗應選用與運用的一抗相同的物種來歷，例如：假設你的一抗是小鼠的單克隆抗體，二抗則選抗小鼠的二抗 anti-mouse secondary 。主張查看二抗說明書保證該抗體適用于你的檢測運用， 二抗一般銜接熒光素 FITC 或發光團。
兩層染色抗體的選擇
兩層染色抗體的選擇用未偶聯一抗進行細胞培育物或組織切片的兩層免疫染色要求一抗來歷于不同物種而且二抗別離辨認其中之一，二抗說明書應描繪其與其它物種來歷的免疫球蛋有否有交叉吸附。
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